Роберто Фернандес является воспитанником четырёхкратного чемпиона своей страны — ФК «Блуминг» из Санта-Крус-де-ла-Сьерры, в составе которого он начинал свою профессиональную карьеру. Затем он поиграл в Испании за «Культураль Леонесу». Возвращение на родину случилось в 2020 году, но на этот раз в «Боливар», с которым Роберто выиграл чемпионат Апертуры боливийской Примеры в сезоне 2022.

Сезон 2023/24 Фернандес провёл в аренде в калининградской «Балтике», с которой добрался до суперфинала FONBET Кубка России. В 40 официальных матчах за балтийцев он отметился двумя забитыми мячами и четырьмя голевыми передачами.

Роберто Фернандес присоединился к «Акрону» в сентябре 2024 года на правах аренды. В дебютном сезоне клуба в МИР РПЛ боливиец принял участие в 22-х матчах во всех турнирах: 19 – в МИР РПЛ, где также отметился двумя голевыми передачами, 3 – в FONBET Кубке России.

Фернандес выступает за сборную Боливии.